温室种植的作物因为温度以及湿度的等原因导致的发生病害几率比室外的较高，温室移栽的辣椒就是其中的一个发生根部病害较多的种类，不快速防治容易导致减产所以需加强根部防治。
除了坚持合理轮作、加强棚室管理、注意清理田园等农业防治方法，要做好药剂防治。
对辣椒根部病害要早发现、早防治，抓住发病初期及时用药防治。一般防治根腐病可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液，或绿亨二号500倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3～4次；
对青枯病可用绿乳铜600倍液，或70%代森锰锌500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3～4次；对辣椒疫病可用50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克水剂600～800倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3～4次。注意药剂要交替使用。
